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原研创新丨成环有道:魏文胜团队开发RNA环化新方法

RNA环化 魏文胜
10小时前
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2023年,mRNA疫苗技术获诺贝尔生理学或医学奖,这一在新冠疫情中凸显重要作用的平台技术站在了聚光灯下。mRNA能灵活指导细胞合成各种功能性蛋白,可用于开发针对感染、癌症、代谢性疾病等多种疗法。近年来,环状RNA因结构高度稳定、蛋白编码能力出色而受到广泛关注,被认为是下一代mRNA技术的有力候选。然而,如何将线性RNA环化、高效生产环状RNA,是平台技术的关键环节。

近日,中关村生命科学园内科研机构昌平实验室/北京大学魏文胜团队Nature Communications发布了环化新方法。

预计读时间:7分钟

成环有道

>>mRNA的“工厂”升级之路——从线性RNA到环状RNA

如果把mRNA比作一间生产蛋白的“工厂”,那么蛋白质就是流水线上制造的“货物”。如何让这座工厂产得更久、产得更好,是优化mRNA平台的关键方向之一。相比传统线性mRNA,“环状RNA版工厂”工作时间更长,能在细胞内持续生产“货物”,为多种疾病疗法带来新可能。

然而,要将mRNA工厂“升级”为环状RNA版本,核心环节是RNA环化——把线性RNA前体转变为环状RNA的关键步骤。尽管已有多种环化方法,但仍存在适用范围有限、效率不够高、载荷受限等瓶颈。针对这些挑战,昌平实验室/北京大学魏文胜团队开发了两种全新的RNA体外环化技术——PIET与CIRC其中CIRC方法:

  • 拓展了可用的核酶种类——让工厂升级有了更多可选方案

  • 提升了环化效率与条件适应性——让工厂更高效、迅速、稳定

  • 突破了环状RNA平台的载量限制——让流水线能高质量生产超大“货物”

这一突破不仅为RNA环化提供了全新技术路线,也大幅拓展了环状RNA平台的应用边界,为未来RNA疗法的设计与优化打开了更广阔的空间。

环状RNA因其高度稳定的结构与高效蛋白编码能力,在RNA疗法领域备受关注。近年来,基于环状RNA的新型治疗策略已在疫苗、体内原位CAR-T、基因编辑及蛋白替代等方面取得进展。其中,魏文胜团队此前已报道多项环状RNA平台的重要应用成果,包括:环状RNA新冠疫苗(Cell,2022)、利用RNA环化策略优化的RNA编辑工具LEAPER 2.0(Nature Biotechnology,2022),以及升级版线粒体基因编辑工具mitoBE v2(Nature,2025),在蛋白编码与非编码功能实现方面均展示了环状RNA平台的独特优势。

在环状RNA平台中,RNA的体外环化是实现其功能的关键环节。目前常用方法包括化学合成与连接法、酶连接法以及基于核酶(Ribozyme)的环化方法。其中,核酶方法因不依赖蛋白而具有更强的通用性,受到广泛关注。然而,这些方法仍存在局限:例如,应用最广的PIE(Permuted Intron-Exon)方法需要对自剪接核酶(一型与二型内含子)进行拆分和改造,限制了可用内含子的来源与种类;此外,RNA环化的长度亦受制约;同时,环状RNA的潜在免疫原性以及纯化过程的复杂性,也成为其推广的障碍。这些挑战凸显了开发高效、普适且易用的新型体外环化技术的迫切需求。

2025年8月10日,昌平实验室/北京大学魏文胜团队Nature Communications发表题为 “Self-splicing RNA circularization facilitated by intact group I and II introns” 的研究论文。

团队基于一型与二型内含子的第二步剪接反应,开发了两种全新的体外RNA环化方法:PIET(Permuted Intron-Exon through Trans-splicing)与CIRC(Complete self-splicing Intron for RNA Circularization)。PIET是一种两组分RNA环化体系,可通过调节组分比例控制环化效率;而CIRC完全摒弃了内含子拆分与改造的需求,可直接利用多种天然完整内含子完成环化,显著拓宽了可选内含子范围,并为筛选更高效或具特殊功能的天然内含子提供了可能。与PIE相比,CIRC不仅环化效率更高,还能在低Mg²⁺或低pH等温和条件下保持高活性,有利于RNA完整性和质量保持。

在本研究中,CIRC方法突破了现有环状RNA平台的载量上限,首次成功环化12,206 nt、编码427 kDa全长抗肌萎缩蛋白(dystrophin)的RNA,并在细胞中实现了完整蛋白的表达。这一成果刷新了环状RNA可承载RNA分子的长度纪录,为杜氏肌营养不良症(DMD)等大蛋白缺陷相关疾病的蛋白替代疗法开辟了新路径。此外,CIRC方法还能实现无痕(scarless)环状RNA制备,产物免疫原性低,并可在内含子中引入poly(A)序列,从而与基于oligo(dT)的纯化体系兼容,大幅简化了生产纯化流程。

这一研究构想源于团队在2023年初使用PIE方法制备环状RNA时提出的假设:是否可跳过第一步剪接反应,直接利用第二步反应实现环化?

实验验证了这一设想,并据此开发出依赖双组分RNA反式剪接活性的环化方法PIET(图1)。

图1 PIET方法的开发的示意图

研究团队进一步推测,将PIET方法中的非共价连接改为共价连接,内含子依然可能保持活性。实验结果证实了这一推测,并发现去除PIE与PIET方法中所需的同源臂后,环化效率显著提高。由于该策略允许使用天然完整内含子实现RNA环化,研究者将其命名为CIRC(图2)。

图2  从PIET到CIRC

CIRC方法不仅能高效兼容原PIE方法中的内含子,还可适配十余种来自自然界的一型和二型内含子,证明了其广泛适用性。这为未来从自然界筛选更高效或具特定功能的内含子提供了更多可能。此外,与PIE方法相比,CIRC方法在温和条件下表现出更高的环化效率与反应速率,对保持长RNA的完整性尤为有利。利用这一优势,团队系统评估了CIRC方法在大分子RNA环化中的能力,成功制备载荷长度从1,448 nt到12,206 nt的环状RNA,并首次验证最大载荷RNA在细胞内的蛋白表达(图3),实现了全长抗肌萎缩蛋白的环化与表达,为相关疾病的大分子蛋白替代疗法奠定了技术基础。

图3 CIRC方法突破了目前环状RNA平台的载量限制

本研究不仅为RNA体外环化提供了全新的技术路线,也极大拓展了环状RNA平台的应用潜力,对未来RNA疗法的开发与优化具有重要意义。

注:点击阅读原文查看论文详情

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